Instanzen sind zuständig für das Verwalten der Systemresourcen und der Datenbanken die unter ihre Kontrolle fallen. Zunächst wird nur eine Instanz erzeugt jedoch können mehrere existieren. Jede Instanz verhält sich wie eine separate DB2 Installation. Sie teilen sich jedoch die selben DB2 Database Manager program files. Ausgenommen sind die Instanzen die eine andere DB2 Version haben. Mehrere Instanzen teilen sich den gleichen binary code, jede Instanz läuft unabhängig und hat seine eigene Ausstattung die im dazugehörigen configuration file geändert werden kann.
Jede Instant kontrolliert den Zugang zu einer oder mehrer Datenbanken. Datenbanken sind das dritte Level in der Hirachie und sind verantwortlich für die Speicherung, Veränderung und der Abfrage der Daten. Wie Instanzen arbeiten Datenbanken unabhängig voneinander. Jede Datenbank hat seine eigene Ausstattung (ebenfalls veränderbar von configuration parameters) natürlcih mit seinem eigenem Rechtesystem wie Benutzer mit den Daten und den Datenobjekte interagieren dürfen. Aus der Sicht des Benutzers ist eine Datenbank eine Sammlung von Tabellen (möglichst mit Beziehungen untereinander) die Daten speichert. Jedoch ist eine DB2 Datenbank aus der Sicht eines Administrators viel mehr: Eine Datenbank ist ein Gebilder das sich aus vielen physichens und logischen Komponenten zusammen setzt. Einiger dieser Komponenten bestimmen wie Daten organisiert werden andere bestimmen wie und wo diese Daten physikalisch gespeichert werden.
